คณะมนุษยศาสตร์ (Faculty of Humanities) เดิมชื่อว่า คณะเอเชียอาคเนย์ ดำเนินการจัดตั้งในปี พ.ศ. ๒๕๐๖  โดยมีวัตถุประสงค์ให้นิสิตมีความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับประวัติศาสตร์ ศาสนา วัฒนธรรม ขนบธรรมเนียมประเพณีและภาษาในภาคพื้นเอเชียอาคเนย์ อันเป็นถิ่นที่ประเทศไทยตั้งอยู่ และเพื่อนำความรู้นั้นไปใช้เป็นประโยชน์ในการดำรงและเผยแผ่พระพุทธศาสนาในภาคพื้นเอเชียอาคเนย์

พ.ศ. ๒๕๐๗  ได้เปลี่ยนชื่อเป็น คณะมานุษยสงเคราะห์ศาสตร์ โดยขยายขอบเขตวิชาที่ศึกษาในคณะนี้ให้กว้างขวางขึ้น ซึ่งครอบคลุมถึงวิชาประเภทมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ โดยเฉพาะในส่วนที่เกี่ยวกับการสงเคราะห์ประชาชนเพื่อให้พระภิกษุสามเณร ได้ปฏิบัติหน้าที่ของตน เพื่อบำเพ็ญประโยชน์ในด้านสาธารณูปการและเป็นที่พึ่งทางใจของประชาชนได้อย่างแท้จริง

คณะมานุษยสงเคราะห์ศาสตร์  ได้แบ่งงานออกเป็นส่วนงาน ดังนี้

๑. ภาควิชาภาษาไทย แขนงวิชาภาษาไทย

๒. ภาควิชาภาษาอังกฤษ แขนงวิชาภาษาอังกฤษ

๓. ภาควิชาเอเชียอาคเนย์วิทยา

๓.๑ แขนงวิชาภูมิ – ประวัติศาสตร์

๓.๒ แขนงวิชาไทยคดี

๓.๓ แขนงวิชาเอเชียอาคเนย์คดี

๓.๔ แขนงวิชาศิลปะและโบราณคดี

๔. ภาควิชาสังคมศาสตร์

๔.๑ แขนงวิชาสังคมวิทยาและมานุษยวิทยา

๔.๒ แขนงวิชาสุขศาสตร์

๔.๓ แขนงวิชาเศรษฐศาสตร์

๔.๔ แขนงวิชาการปกครอง

๔.๕ แขนงวิชากฎหมาย

ในช่วงแรกได้เปิดหลักสูตรภาควิชาภาษาอังกฤษ แขนงวิชาภาษาอังกฤษ มีบัณฑิตสำเร็จการศึกษารุ่นแรก จำนวน ๑๔ รูป

พ.ศ. ๒๕๒๗   มหาวิทยาลัย ได้แยกคณะมานุษยสงเคราะห์ศาสตร์ ออกเป็น ๒ คณะ คือ คณะมนุษยศาสตร์ และคณะสังคมศาสตร์ โดยกำหนดให้คณะมนุษยศาสตร์ รับผิดชอบจัดการศึกษาในด้านภาษา ประวัติศาสตร์ และจิตวิทยา ส่วนคณะสังคมศาสตร์ รับผิดชอบจัดการศึกษาด้านสังคมศาสตร์มหาวิทยาลัยได้ปรับลดโครงสร้างหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต จาก ๒๐๐ หน่วยกิต เป็น ๑๕๐ หน่วย และคณะมนุษยศาสตร์ ได้แบ่งหลักสูตรออกเป็น ๔ ภาควิชา ประกอบด้วย

๑. ภาควิชาภาษาตะวันออก (Department of Oriental Languages) วิชาเอกภาษาไทย วิชาเอกภาษาจีน วิชาเอกภาษาญี่ปุ่น

๒. ภาควิชาภาษาตะวันตก (Department of Western Languages) วิชาเอกภาษาอังกฤษ วิชาเอกวรรณคดีอังกฤษ

๓. ภาควิชาประวัติศาสตร์ (Department of History) วิชาเอกประวัติศาสตร์

๔. ภาควิชาจิตวิทยา (Department of Psychology) วิชาเอกจิตวิทยา  วิชาเอกจิตวิทยาการศึกษา วิชาเอกจิตวิทยาการปรึกษาและการแนะแนว

ช่วงแรกได้จัดการเรียนการสอนหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต วิชาเอกภาษาอังกฤษ

พ.ศ. ๒๕๓๑  พระครูศรีสุทัศนธรรมคุณ (พระสิริสุทัศน์ธรรมาภรณ์) รักษาการคณบดีคณะมนุษยศาสตร์ ดำเนินการเปิดหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต วิชาเอกจิตวิทยา

พ.ศ. ๒๕๓๕ พระมหาสมชัย กุสลจิตฺโต (พระราชปัญญาเมธี) คณบดีคณะมนุษยศาสตร์  ดำเนินการเปิดหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต วิชาเอกภาษาไทย

พ.ศ. ๒๕๓๘ มหาวิทยาลัยได้มีการปรับปรุงและพัฒนาหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต และได้แยกหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต คณะมนุษยศาสตร์ ออกเป็น ๔ ภาควิชา ประกอบด้วย

๑.ภาควิชาภาษาไทย (Department of  Thai Language) วิชาเอกภาษาไทย วิชาโทภาษาเขมร  วิชาโทภาษาลาว

๒.ภาควิชาภาษาต่างประเทศ (Department of Foreign Language) วิชาเอกภาษาอังกฤษ วิชาเอกภาษาจีน วิชาเอกภาษาญี่ปุ่น

๓.ภาควิชาจิตวิทยา (Department of Psychology) วิชาเอกพุทธจิตวิทยา วิชาเอกจิตวิทยา

๔.ภาควิชาประวัติศาสตร์ (Department of History) วิชาเอกประวัติศาสตร์

พ.ศ. ๒๕๕๐ มหาวิทยาลัยได้มีการปรับปรุงและพัฒนาหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต โดยปรับลดโครงสร้างหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต  คณะมนุษยศาสตร์ จาก ๑๕๐ หน่วยกิต  เป็น ๑๔๐ หน่วยกิต

พ.ศ. ๒๕๕๐  พระมหาขวัญชัย กิตฺติปาโล คณบดีคณะมนุษยศาสตร์ ร่วมกับบัณฑิตวิทยาลัย ดำเนินการเปิดหลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาชีวิตและความตาย และดำเนินการพัฒนาหลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาภาษาศาสตร์ มีนิสิตรุ่นแรก จำนวน ๓๐ รูป/คน

พ.ศ. ๒๕๕๑ พระมหาขวัญชัย กิตฺติปาโล คณบดีคณะมนุษยศาสตร์ ร่วมกับบัณฑิตวิทยาลัย และสาวิกาสิกขาลัย เสถียรธรรมสถาน ดำเนินการเปิดหลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาพุทธศาสตร์และศิลปะแห่งชีวิต มีนิสิตรุ่นแรก จำนวน ๓๐ รูป/คน

พ.ศ. ๒๕๕๒ พระมหาขวัญชัย กิตฺติปาโล คณบดีคณะมนุษยศาสตร์ ร่วมกับบัณฑิตวิทยาลัย ดำเนินการเปิดหลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาภาษาศาสตร์ มีนิสิตรุ่นแรก จำนวน ๒๐ รูป/คน

พ.ศ. ๒๕๕๒ พระมหาขวัญชัย กิตฺติปาโล คณบดีคณะมนุษยศาสตร์ ร่วมกับวัดสามพราน จังหวัดนครปฐม ดำเนินการเปิดหน่วยวิทยบริการ คณะมนุษยศาสตร์ และเปิดรับคฤหัสถ์เข้าศึกษาหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา ณ วัดสามพราน ตำบลสามพราน อำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม มีนิสิตรุ่นแรก จำนวน ๓๐ คน

พ.ศ. ๒๕๕๕ พระมหาขวัญชัย กิตฺติปาโล คณบดีคณะมนุษยศาสตร์ ร่วมกับบัณฑิตวิทยาลัย ดำเนินการพัฒนาหลักสูตรและเปิดหลักสูตรพุทธศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา มีนิสิตรุ่นแรก จำนวน ๒๘ รูป/คน

พ.ศ. ๒๕๕๘ พระครูสังฆรักษ์เอกภัทร อภิฉนฺโท,ผศ.ดร. คณบดีคณะมนุษยศาสตร์ ร่วมกับบัณฑิตวิทยาลัย ดำเนินการพัฒนาหลักสูตรและเปิดหลักสูตรพุทธศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาภาษาศาสตร์

ปัจจุบัน คณะมนุษยศาสตร์  ได้แบ่งงานออกเป็นส่วนงาน ดังนี้

๑. สำนักงานคณบดีคณะมนุษยศาสตร์

๒. ภาควิชาภาษาไทย สาขาวิชาภาษาไทย

๓. ภาควิชาภาษาต่างประเทศ สาขาวิชาภาษาอังกฤษ

๔. ภาควิชาจิตวิทยา สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา สาขาวิชาจิตวิทยา

๕. หลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาภาษาศาสตร์ สาขาวิชาภาษาอังกฤษ สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา สาขาวิชาชีวิตและความตาย

๖. หลักสูตรพุทธศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา สาขาวิชาภาษาศาสตร์

๗. หลักสูตรพุทธศาสตร์และศิลปะแห่งชีวิต หน่วยวิทยบริการคณะมนุษยศาสตร์ ณ เสถียรธรรมสถาน กรุงเทพมหานคร